Католическая община в Василишках появилась в 1652 году, в 1658 году здесь основан монастырь доминиканцев, при котором построен деревянный костёл. Каменный барочный костёл, который мы видим сегодня, построен в 1769 году. После подавления шляхетского восстания 1830 года, как и многие другие католические храмы на территории современной Беларуси, был передан православным и переоборудован как православная церковь, в  1919 году возвращён католикам. В 1922—1928 годах реконструирован. После Великой Отечественной войны закрыт, в 1980 году возвращён верующим.

Храм – памятник архитектуры позднего барокко. Главный алтарь храма богато декорирован лепниной, в его центре находится полотно «Крещение Господне». Всего в интерьере церкви 7 алтарей, выполненных в стилистике рококо. Каменные алтари стилизованы под розовый и голубой мрамор, украшены позолоченной лепниной. Храм окружён оградой из бутового камня с трёхарочными воротами.

Храм не обошли стороной легендарные события 1863 г. Настоятель Василишковского прихода Сырвинд был арестован за участие в национально-освободительном восстании.