Село Ваверка известно с 1413 года, когда тут был заложен деревянный костёл Святого Франциска, впоследствии переосвящённый во имя Святой Троицы. В середине ХVI века он стал кальвинистским сбором и «вернулся» в католичество лишь накануне своего разрушения в Тринадцатилетнюю войну (1654–1667). Возобновлённый в 1841 году Костровицкими, храм этот под именем Преображения Господня в начале ХХ века зафиксировал известный мастер фотографии Ян Балзункевич. К тому времени ваверский приход насчитывал уже более 10 тысяч прихожан, поэтому в 1927–1928 гг. Преображенский костёл был расширен под руководством виленского архитектора Белки. В 1936 году в храме появился орган на 15 голосов.