О существовании Спасо-Преображенской церкви известно с XVI века. В то время она именовалась Соборной и при ней служили два священника, которые ежедневно совершали богослужения. При храме существовало Преображенское братство, богадельня и школа для обучения детей славянскому чтению, церковному пению, счетоводству и письму.

После заключения Брестской унии в 1596 году на тех местах, где прежде стояли православные храмы, или рядом с ними, польские магнаты и римские монахи стали строить костелы и открывать монастыри. Недалеко от Спасо-Преображенской церкви в 1635-1650 годах был построен костел. Сама церковь была захвачена униатами. После возвращения униатов в Православие Преображенская церковь вновь стала православной.

Во время пожара в Слониме в 1848 году храм полностью сгорел. Новый храм был устроен в здании упомянутого костела, упраздненного к тому времени. В годы Великой Отечественной войны храм сильно пострадал.

В период хрущевских гонений, в 1963 году, храм был взорван и разрушен до основания. В 1994 году на месте взорванного храма началось строительство нового величественного собора. Сегодня Спаса - Преображенский собор - кафедральный храм Слонимской и Новогрудской епархии.